Společnost Jana Pernera, z.s. je dobrovolnou, neziskovou, nezávislou a nepolitickou organizaci, v níž se sdružují občané, kteří chtějí přispět k rozvoji občanské společnosti, zejména provozováním obecně prospěšných činností v oblasti vzdělávání, dopravy a cestovního ruchu. Posláním a cílem spolku je uchovávat památku Jana Pernera, propagovat jeho jméno a zásluhy ve městě Pardubice, v regionu Pardubického kraje, na území České republiky a v zahraničí.

Společnost Jana Pernera, z.s. byla založena v roce 2014. Jejím prvním cílem bylo zrekonstruovat rodinnou hrobku Pernerových na Městských hřbitovech v Pardubicích, kde je Jan Perner pohřben.

V lednu 2015 Společnost Jana Pernera, z.s. získala hrobku do svého vlastnictví za symbolickou jednu korunu, a to od rodiny Machoňových. Významný český architekt Ladislav Machoň byl s rodinou Pernerových spřízněn. Rodinná hrobka Pernerových a Machoňových je jeho autorským dílem. Společnost Jana Pernera, z.s. při rekonstrukci hrobky odbornou radou vedl architekt Miroslav Řepa, který dohlížel na zachování původního rázu Machoňova díla. Rekonstrukci hrobky provedla společnost GRANO CZ Skuteč pod dohledem konzultační, inženýrské a projekční společnosti astalon s.r.o.

Zrekonstruovaná hrobka byla veřejnosti slavnostně předána na podzim roku 2015 v rámci projektu ROK JANA PERNERA. Tento národní projekt propagoval život a dílo stavitele a projektanta železnic Ing. Jana Pernera u příležitosti 200. výročí jeho narození a zároveň 170. výročí jeho úmrtí. Na celoročním projektu se kromě Společnosti Jana Pernera, z.s. podílela celá řada dalších subjektů včetně města Pardubice a obce Bratčice na Kolínsku, kde se Jan Perner narodil.

Památku Jana Pernera si připomněly rodné Bratčice, vydána byla emise unikátních mincí, odhalena busta Ing. Jana Pernera v aule Dopravní fakulty Ing. Jana Pernera Univerzity Pardubice a vše vyvrcholilo již zmiňovaným slavnostním aktem na Městských hřbitovech v Pardubicích a velkým Železničním dnem s jízdou zvláštního parního vlaku a bohatým programem na trati tohoto vlaku a především v Pardubicích. V rámci oslav byla odhalena základní deska budoucí sochy Ing. Jana Pernera.

V roce 2016 Společnost Jana Pernera, z.s. uspořádala další akci spojenou s osobou Ing. Jana Pernera. Kromě vzpomínkového aktu u hrobky Pernerových a Machoňových to byl happening na hlavním nádraží v Pardubicích, kde kromě Ing. Jana Pernera byly propagovány rozvojové projekty v dopravě, a to nejen železniční, ale i silniční. Veřejnosti byl představen také model sochy Ing. Jana Pernera, jehož základní deska byla odhalena o rok dříve.

V rámci této akce ING. JAN PERNER – DOPRAVNÍ UZEL PARDUBICE si potomci rodiny Pernerových převzali z rukou představitelů statutárního města Pardubice čestné občanství Ing. Jana Pernera, udělené in memoriam z iniciativy Společnosti Jana Pernera, z.s.

V roce 2017 se Ing. Jan Perner dočkal své sochy. Instalována je na zmodernizovaném Přednádraží před budovou hlavního nádraží v Pardubicích. Bronzová socha v životní velikosti pochází z dílny akademického sochaře Jaroslava Brože, který do sochy zakomponoval i určitou symboliku. Ing. Jan Perner stojí na třiceti železničních pražcích, které symbolizují pouhých třicet let života tohoto slavného železničáře. Sochu iniciovala Společnost Jana Pernera, z.s.

V roce 2017 Společnost Jana Pernera, z.s. navazuje na úspěšné předešlé aktivity a pořádá FESTIVAL ŽELEZNICE/SILNICE – ING. JAN PERNER, národní dopravní festival oslavující železnici a slavného projektanta a stavitele železničních tratí Ing. Jana Pernera. Projekt pokračuje i v letech 2018 a 2019, kdy je například instalována putovní výstava o Janu Pernerovi v nádražních budovách na jím projektovaném železničním koridoru.